紅馬銀花（Rhododendron vialii Delavay & Franch）是杜鵑屬（Rhododendron L.）、馬銀花亞屬（Subgen. Azaleastrum）、馬銀花組（Sect. Azaleastrum）的常綠灌木。該物種曾經廣布于滇中和滇南地區，但由于人類活動對生境的破壞以及作為觀賞植物過度采挖等因素，目前許多分布區的居群已完全消失，因而被納入《云南省極小種群野生植物拯救保護規劃（2021–2030）》中實施拯救保護。此外，紅馬銀花具有該組中唯一的紅色管狀漏斗形花冠，具有極高的觀賞價值和園藝種質創新潛力。

　　該研究基于PacBio HiFi測序數據和HiC輔助組裝，首次獲得杜鵑花科第一個高質量單倍型基因組。組裝完成的紅馬銀花基因組總大小約為1.06 Gb，包含兩套完整的haplotypes：Haplotype A（532.73 Mb，Contig N50和Scaffold N50分別達到35.67 Mb和42.05 Mb）和Haplotype B（521.98 Mb，Contig N50和Scaffold N50分別為34.70 Mb和41.81 Mb）。共有99.92%的序列可被錨定至染色體上，大部分染色體組裝出了完整的端粒序列，僅少數不完整或缺失，最終獲得了14條無gap的染色體組裝。共注釋到551.06 Mb的重復元件，占總基因組的52.19%。通過從頭預測、轉錄本證據或同源蛋白證據共鑒定到60926個蛋白編碼基因，其中有93.82%的基因成功進行功能注釋。系列評估顯示該組裝無冗余、無塌縮、錯誤率較低且注釋基因的完整度較好,表明了較高的組裝質量。該研究為深度解析杜鵑屬植物的演化歷史、紅馬銀花綜合保護體系的深入研究和種質資源發掘利用奠定了基礎。 

　　近日，中國科學院昆明植物研究所的極小種群野生植物綜合保護團隊在國際期刊Scientific Data在線發表了題為A haplotype-resolved genome assembly of Rhododendron vialii based on PacBio HiFi reads and Hi-C data的研究論文。中國科學院昆明植物研究所博士研究生常宇航為論文的第一作者，中國科學院昆明植物研究所馬永鵬研究員和孫衛邦研究員為論文的共同通訊作者，中國科學院昆明植物研究所博士研究生張仁綱也參與了該項目。研究得到了科技部國家科技基礎資源調查專項項目、云南省自然科學基金重點項目、中國科學院西部之光及云南省高層次人才等項目的資助。 

　　文章鏈接

圖1 紅馬銀花花冠特征和高質量的單倍型參考基因組 

圖2 紅馬銀花染色體上一些重復元件分布